Το αρχικό κτήριο (βόρεια πλευρά) χτίστηκε για ορφανοτροφείο τις αρχές της δεκαετίας του 1930, με χρήματα που πρόσφεραν οι αδελφές Ευγενία Θεοδότου και Αθηνά Διανέλλου, οι προτομές των οποίων βρίσκονται στην είσοδο του σχολείου. Οι δύο αδελφές δώρισαν το κτήριο στην Αρχιεπισκοπή για να στεγάσει το εκθετοτροφείο-ορφανοτροφείο του Αγίου Κασσιανού που λειτουργούσε σ’ ένα μικρό οίκημα στην Παλαιά Λευκωσία.
Το 1952 από κληροδότημα καταστημάτων στη Στοά Ταρσή (Λευκωσία) επεκτάθηκε το οίκημα του ορφανοτροφείου με τη δυτική πτέρυγα που βλέπει προς την εκκλησία της Αγίας Παρασκευής. Μέχρι το 1955 λειτουργούσε ανελλιπώς ως ορφανοτροφείο. Στα χρόνια του Απελευθερωτικού Αγώνα της Ε.Ο.Κ.Α. (1955-1959) ανέστειλε τη λειτουργία του και ερημώθηκε.
Με την ανακήρυξη της Κύπρου σε ανεξάρτητο κράτος το 1960 επαναλειτούργησε ως ορφανοτροφείο, μέχρι το 1974.
Μετά την εισβολή της Τουρκίας το 1974, τα παιδιά του οικοτροφείου μεταφέρθηκαν σε άλλο οίκημα και το κτήριο, μέχρι το 1978, χρησιμοποιήθηκε ως στέγη για πρόσφυγες από το Βαρώσι και τα κατεχόμενα χωριά Κάρμι, Καζάφανι και Νέο Χωριό Κυθρέας.
Όταν έφυγαν οι πρόσφυγες το 1978, χρησιμοποιήθηκε για τις ανάγκες του Δημοτικού Σχολείου Ακρόπολης, μέχρι το 1982.
Τη χρονιά 1982-1983 το κτήριο προσφέρθηκε στο Κέντρο Παραγωγικότητας Κύπρου για να στεγαστούν αλλοδαποί φοιτητές του.
Από το 1983 μέχρι σήμερα λειτουργεί ως Γυμνάσιο, με κάποιες επεκτάσεις και διαρρυθμίσεις στο χώρο.
Ανήκει στην Εκπαιδευτική Περιφέρεια Λευκωσίας. Το όνομα του Σχολείου δόθηκε προς τιμή και αιώνια μνήμη για τις μεγάλες ευεργέτριες Αθηνά Διανέλλου και Ευγενία Θεοδότου που έκτισαν το ορφανοτροφείο.
΄Εμβλημα του σχολείου (σφραγίδα και λάβαρο) είναι ένα κλαδί δάφνης και στάχυα.
Σήμερα το σχολείο αριθμεί 292 μαθητές/τριες και 55 καθηγητές/τριες με πλήρη και μερική απασχόληση.